功能性胃肠便能够在短期内控制症状，但停药后容易复发，因此功能性胃肠病一般比较难完全治愈。因为功能性胃肠病并没有器质性的病变，多数是由于病人的精神，或是心理因素造成的一种功能性胃肠道疾病。治疗主要均遵循综合治疗和个体化治疗的原则。病人首先要调整心态，正确认识疾病和工作生活，学会倾诉，和他人交流，学会放松自己，保持良好的心态。同时可以结合一些药物进行对症治疗，可以选择抑酸剂ppi类，或者是h2受体阻滞剂进行抑酸治疗，缓解腹痛。还可以选择促胃肠动力药，助消化药，抗焦虑、抑郁药物等治疗。