由于女性的性染色体异常造成原发性闭经的原因特别多，首先可能是由于女性的性染色体异常，造成没有正常的卵巢或，者是没有子宫，因此才会表现出闭经。还有可能是女性的生殖器畸形造成，比如女性的阴道内有横隔，或者是属于始基子宫，也有可能会表现出原发性闭经现象。还有一些女性，则可能是先天性的处女膜闭锁。月经来潮以后，月经血没办法从阴道口排出，因此也会表现出原发性的闭经。而且这类女性没办法正常的性生活，同时还会表现出不孕症，最主要的就是会有周期性的下腹部疼痛症状。