怀孕40天的时候做药物流产，单纯的就怀孕天数来说，是进行药物流产的合适时间段，正常都是可以的，彻底流干净的。药物流产主要就是在怀孕的35天，在49天之间进行。不足35天的时候还没有孕囊形成，有可能造成流产失败；超过49天的时候，胎体过大，胎儿和子宫壁的连接较为牢固，有可能表现出流产失败，或流产不全的表现，只有在35天到49天是最适合做药流的时间。不过药物流产能否流干净，还和其他因素有关。比如是否做过人工流产手术，是否有严重的子宫内膜炎，因此并不能确保百分之百完全干净。