小孩儿阴茎短可能是先天性发育畸形，导致的小阴茎，或者隐匿性阴茎，小阴茎指的是孩子因为生长激素和性激素分泌不足，导致的阴茎发育障碍，往往伴随身高，体重，及第二性征的发育不良表现。隐匿性阴茎，指的是阴茎体被阴茎皮肤下的筋膜层束缚，难以显露在体表，往往伴随包茎，但阴茎体的大小是正常的。还有一种特殊的情况，是孩子肥胖导致地埋藏式阴茎，指的是阴茎被腹壁脂肪覆盖，导致阴茎短小的假象，这种情况经过减肥能够逐渐地恢复到正常水平。