小便时表现出阴茎内刺痛，可能的原因包括：1、泌尿道存在感染，如急性尿道炎，细菌侵犯尿道黏膜上皮，表现出充血、水肿和黏膜上皮的损伤，这时尿液经过受刺激的黏膜或者有炎症的黏膜，就会表现出疼痛的症状，需要进一步行尿液常规检查，如为感染，则尿液常规中可见大量的白细胞存在。2、尿道结石，病人可表现出排尿时阴茎刺痛，并且伴随排尿困难、尿液分叉或者排尿费力等表现，常多见于患有结石病史的病人，需要行尿道镜或者尿道X片检查，如存在结石，就得要取石治疗。3、尿道息肉、肿瘤等相对比较少见，可侵犯尿道黏膜上皮，造成疼痛，尤其是排尿时明显，伴随排尿费力的症状，需要进行尿道镜检查，必要时做活组织检查进行确诊。