胎儿头大常和先天性遗传因素有关，比如某些先天性的遗传综合征，除伴随胎儿巨头畸形之外，还常伴随其他器官畸形。还有胎儿神经系统表现出问题，如脑膨出、脑积水等，也会使胎儿的头部有明显增大表现。还有病毒感染原因，造成胎儿脑室腔表现出积液，而这种原因也可造成胎儿头围增大。此外，还有一些先天性因素，比如父母本身体格较大，因此胎儿头部也会相对较大。此外，孕妇摄入营养过剩而造成胎儿生长快速，形成巨大儿，因此胎儿整体较大，而头部也会相应增大。