肛门直肠的坠胀、疼痛原因很多。肛门直肠部位病变，如溃疡、脓肿、异物，此外肛窦炎等炎症也是肛门直肠坠痛的多见原因。这些原因有的跟排便有关系，有的跟排便没有关系，但很少导致半夜突然坠痛、从睡梦中醒来的情况。特发性肛门直肠疼痛，原因不清楚，也找不到具体病变。在临床上经常有一些患者突然表现出肛门直肠的痉挛性剧烈疼痛，持续时间在2-3分钟之内，疼痛缓解后无其它异常。现阶段该病尚无有效治疗方法。目前发现特发性肛门直肠疼痛可能和精神或情绪等因素有关，推测可能是精神类疾病的躯体化症状之一，因一过性的神经功能障碍导致疼痛。但其确切原因还在探索之中。