肛门里面疼痛的原因有很多，如果病人长时间的排大便不通畅，直肠下段将粪便的水分吸干形成粪石，直肠内粪便潴留会造成肛门内疼痛，有时还会有坠胀感，有时粪便干结，损伤肛周皮肤，因此造成肛裂的形成，还会造成疼痛。有时肛门内疼痛的原因有可能是合并痔疮，痔疮是曲张的静脉血管团，一般在腹压增加或者便秘时，容易造成痔静脉丛淤积扩张，因此形成。如果痔核脱出肛门不能还纳，局部淤血形成血栓，表现为肛周质硬的包块，也会造成肛门直肠内疼痛，行直肠指诊，置入肛门镜检查可以明确诊断。