先天性肛门闭锁的后遗症，有以下几种。第一种，就是会表现出排便的障碍。除此之外，还有排尿也会表现出异常，很容易造成便秘。如果情况比较严重，还会造成性功能的障碍。因此如果表现出了先天性的肛门闭锁，还是应当尽快的去当地的公立三甲医院，进行详细的问诊和治疗。