晚上睡觉时肛门里疼痛，它的原因有很多，多见的有以下几种：第一个，有可能是肛门直肠黏膜下的脓肿，一般是由于腹泻等原因因此造成肛腺感染，因此向四周蔓延形成直肠黏膜下脓肿。表现为肛门内坠胀不适、疼痛，有时因疼痛而不敢解大便，肛门内会有烧灼感，一般直肠指诊可以明确的触摸到波动度明显的脓肿，行肛周彩超可以明确诊断。第二个，肛门里面疼痛，多见的原因还有可能是肛裂，如果大便干结容易损伤肛管皮肤造成裂伤，这样在晚上睡觉时，由于肛门括约肌的收缩，会使局部的痉挛性的疼痛。因此晚上睡觉时肛门里疼痛原因很多，应该及时的进行直肠指诊，必要时可以结合辅助检查来明确诊断。