治疗肛周脓肿的最佳方法，就是采用综合的治疗手段，包括抗菌素治疗、温水坐浴、局部理疗，口服缓泻剂来减轻排便时的疼痛。此外，最主要的治疗方法是手术治疗，也就是进行脓肿切开引流手术。手术方式要根据脓肿的部位不同来选择不一样的手术方式。肛周脓肿切开引流手术后，绝大多数患者会形成继发性的肛瘘，因此有的医生会采用脓肿切开引流加切开挂线手术来防止肛瘘的形成。