半夜肛门瘙痒的原因有以下几点：1、可能是肛肠寄生虫造成的瘙痒，多见于蛲虫，蛲虫在晚上12点后，病人身体放松、肛门括约肌松弛时，爬出肛门外面进行产卵，因此会表现出半夜肛门瘙痒的症状。2、可能是由于人乳头病菌造成尖锐湿疣造成，好发于肛门周围，会表现出异物感、疼痛感、瘙痒感，而且本病具有传染性。3、可能是由于肛周炎造成的，此情况多数由于细菌感染引发，会表现出肛周皮肤的瘙痒、红肿、疼痛的感觉，伴随皮肤部位的丘疹。4、还有可能是由于肛门湿疹或者是皮肤过敏的情况造成的，考虑到病因比较复杂，建议及时去医院，做相关检查来确诊。