阴茎根部表现出疼痛的表现，临床上跟很多因素有关系，具体如下：一、多见泌尿系生殖系统的感染性疾病，如前列腺炎、尿道炎、膀胱炎、精囊炎等，可以表现出阴茎的疼痛，同时伴随尿频、尿急等相应的尿路刺激症状。二、泌尿系统的其他疾病，如泌尿系统结石，尤其是尿道结石，或者泌尿系统的肿瘤，膀胱肿瘤、尿道肿瘤、前列腺癌、精囊肿瘤，甚至可以侵犯阴茎神经、盆腔静脉丛、盆腔神经丛等，进而造成阴茎根部的疼痛。三、泌尿系统的损伤、泌尿系统的异物、泌尿系统狭窄等，均可以造成阴茎根部的疼痛。所以，在临床上要根据不同的病因，针对性的治疗。