肛门括约肌疼痛在临床上，最多见的原因就是肛裂，当然对于比较严重的肛窦炎或者说肛门内黏膜下的脓肿，有时候也会造成括约肌疼痛，只是在临床上并不是特别多见。对于肛裂，在临床上比较多见，而且发病率也比较高，仅次于痔疮或者肛瘘。肛裂的疼痛主要分为两种，一个是肛裂创面的神经末梢疼痛，此外一个就是典型的括约肌疼痛。因为肛裂的创面在排便过程中，首先会造成创面的神经末梢疼痛，在排便结束后，神经末梢疼痛会缓解，这时括约肌会发生痉挛，造成典型的括约肌痉挛性疼痛，而且疼痛时间比较长，疼痛程度比较剧烈，等到括约肌麻痹松弛之后疼痛缓解。