造成肛乳头的原因有很多，长时间的便秘、粪便干结，长时间的腹泻有可能造成粪便储存于肛窦。由于肛窦开口往上，粪便储存容易造成肛窦肛腺感染，肛腺口充血水肿，因此造成局部炎性增生。肛乳头肥大有时由于长时间的肛瘘、慢性炎症刺激，脓液反复刺激容易造成增生。慢性肛裂有时也会造成哨兵痔以及肛乳头肥大。肛乳头肥大的原因还有可能是直肠炎症所造成，尤其是溃疡性直肠炎，炎症有时会波及肛窦，因此造成局部感染，形成肛乳头肥大。一旦形成乳头肥大，应该积极的给予药物，甚至手术治疗。