长时间神经性头疼如果不考虑原发疾病，只是疼痛本身并不会对健康产生直接影响和严重后果。但是疼痛程度都比较剧烈而且用药物治疗效果较差，常常难以控制，严重影响病人的日常生活容易造成病人精神、心理压力大，情绪不好，常常有焦虑、抑郁症状。长时间发展下去还会造成病人睡眠障碍，间接影响到心脑血管系统的健康，会造成血压升高、心脏病和脑血管病的发病率增加。