阴茎疼原因有以下几种：1、男性阴茎受到暴力外伤，在性生活过程中由于性姿势不对，或者性生活过程中动作过于暴力，就容易导致阴茎挫伤，表现出阴茎疼痛的现象；2、如果没有外来的因素，表现出阴茎表面疼痛，有可能是因为有包皮龟头炎，临床症状上还会表现出包皮、龟头部位长小红点，伴随瘙痒等，需要涂抹消炎的药物进行治疗；3、男性有不洁性生活后容易诱发尿道炎，尿道在阴茎的内部有炎症后，会刺激阴茎内部疼痛，并且尿道口还会有脓性的分泌物，是会经过性接触进行传播，因此要暂时防止进行性生活，需要去医院进行积极的消炎治疗。