天然有毒物质是指食品本身成分中存在的某种对人体健康非常有害的非营养性天然物质成分。如一些动植物中含有的生物碱，氢氰糖苷等，或在人为特定条件下，食品中产生的某些有毒物质，也会为这一类，如粮食、油料中因霉变而产生的黄曲霉毒素。食品烹调中高温产生的多环芳烃类都是很强的致癌物质，造成天然有毒物质食物中毒的原因。也就是说这些有毒物质是被人食用后而造成中毒，中毒轻者会对身体造成严重损害。重者则不治身亡。因此一定要注意防止进食霉变的食物等。