子宫内膜异位症的治疗方案因病情的轻重、病人的年龄和生育情况而有所不同，如病情较重或表现为重的痛经或盆腔检查发现有肯定的内膜异位结节，必须采取药物或手术治疗。一，药物治疗，采用药物来对抗和抑制卵巢的周期性内分泌刺激，最初使用睾丸酮类的雄激素，副作用较大而且效率不够强，已逐渐摒弃不用，后来逐渐发展成为假孕疗法和假绝经疗法。二，手术疗法，一般认为卵巢上发生的巧克力囊肿，病变体积往往较大或发生在其他部位的子宫内膜异位结节，直径在2厘米以上者，不宜用药物控制，而需要手术治疗，或者经过六个月甚至一年的药物治疗，病情仍不见好转，也应考虑手术切除。