小便时尿道刺痛还流血的原因如下：一、急性尿路感染。由于炎症的刺激，会造成尿道黏膜破溃出血，尿液在流出时就会刺激伤口部位造成疼痛和出血，同时病人还会伴随尿频、尿急等排尿刺激症，严重时还会表现出血尿；二、泌尿系统结石。结石在移动时可能会卡在输尿管当中，造成粘膜破溃，造成疼痛和尿道口滴血。需要进行泌尿系统ct检查确诊，此外泌尿系统外伤、尿道肿瘤也可造成小便刺痛出血，但几率较小。