怀孕40天做流产，休息的时间需要两周。在两周以内，要注意休息，加强营养，注意阴道流血。若是阴道流血比较多或者是持续十天不干净，要及时的到医院去做B超的检查。若是在B超的时候看到宫腔内有残留物，还是要清宫的，清宫以后还是继续要休息两周。怀孕40天的时候做药物流产也是可以的，但是做药物流产休息的时间和人工流产休息的时间是一样的。以上健康科普知识仅供参考，具体情况需到正规医院检查，由专业医师进行判断。