阴茎上长痘痘最多见的病因是珍珠样丘疹，这是因为包皮垢以及局部的分泌物没有及时的清理干净，在局部刺激导致的一种增生现象，特别是有包皮过长的病人，这种现象会更加明显，对男性的健康一般不会导致多大的影响，可以不用做特别的处理，必要时可以考虑经过激光或者冷冻的疗法进行祛除。此外，也要考虑是不洁的性生活导致的一些传染病，比如尖锐湿疣，这时候长的痘痘一般呈菜花样或者是鸡冠状，要经过相关的检查确诊，局部的痘痘进行激光祛除，而且要进行全身的免疫和抗病毒治疗，因为是有一定癌变的几率的。若是处于阴茎根部长有痘痘样的新生物，这要考虑是毛囊炎，跟阴囊长时间处于潮湿的环境下并发感染有直接的关系。