慢性肠炎有部分病人是会自愈，但是这种情况基于肠镜的检查以及镜下必要的活检。若是一些特殊的肠炎疾病如溃疡性结肠炎、克罗恩病、白塞氏病，肠结核等这类疾病自愈可能性就不高。有部分病人表现出后遗症或者是需要长时间随访治疗，若是一个普通的肠炎过治疗之后就会达到自愈，一般来说在一个星期以内只要用药方案选择合理多数都会完全看。