牙髓炎晚期细菌会突破根尖孔，破坏牙齿周围的组织，造成根尖周炎。牙髓炎晚期，根管内的感染物质不能从冠部排出，只能从根尖孔处释放，破坏根尖处组织，缓解管腔内的压力。根尖周的组织包括牙骨质、牙周膜、牙槽骨都会受到影响，细菌会侵蚀牙槽骨，并且慢慢向周围扩散。严重的情况可能会突破骨膜，到达粘膜下，从粘膜处排脓，造成更大创伤。