怀孕三个月有褐色分泌物的情况，最多见的原因就是先兆流产，先兆流产开始时一般阴道出血比较少，常为暗红色或者咖啡色的分泌物，有时会伴随下腹的隐痛，是为先兆流产。此外，胚胎停育，宫颈的炎症，如宫颈息肉，宫颈病变，宫颈糜烂等，也会造成早孕期的出血。同时，宫颈的病变造成的出血往往很难和流产造成的出血相鉴别。如宫颈息肉较大，在中孕期时可以考虑进行宫颈息肉摘除。所以，怀孕三个月表现出褐色分泌物的情况，病人应尽快到医院做B超和妇科的检查，根据检查的结果进行治疗。