肛门镜和直肠镜，主要区别在于：第一，长度，肛门镜的长度一般是不超过10cm，因为肛门镜主要是检查肛周、肛管以及直肠末端，因为肛管的长度一般是在3-5cm，因此说肛门镜一般来说不超过10cm。而直肠镜的长度一般最少都需要10cm，因为直肠的长度是12-15cm，而肛管是3-5cm，因此说直肠镜的长度一般都是在15-25cm之间。第二，光源，肛门镜一般不配备自身光源。而直肠镜基本上都会配备自身光源，而且基本上可以采集图像。第三，肛门镜检查一般不需要灌肠。而直肠镜检查基本上都需要灌肠。