肛瘘手术的难易程度取决于病人肛瘘的复杂程度。低位、单纯性的肛瘘手术简单，术后病人恢复快、治愈率高；而高位、复杂性的肛瘘，手术时存在治疗的策略性和保护肛门功能齐全性的矛盾，也就是说我们想治愈这个疾病，有时候就损坏了肛门括约肌的功能；有时候为了保护肛门括约肌的功能，这个病我们又没有办法处理。因此肛瘘手术的治疗效果要根据它的严重程度来定。