做电子肛门镜正常情况下是不会表现出疼痛，但是肛门局部会表现出有坠胀的不适感。因为做电子肛门镜之前，局部肛门镜会涂抹石蜡油，可以起到润滑的作用，只要病人不要过于紧张，放松肛门括约肌，轻轻的插入肛门镜不会造成局部表现出疼痛。但是如果本身存在有肛裂或者肛周脓肿，以及痔疮在急性发作期时，因为这些肛肠疾病本身就疼痛，当插入肛门镜时会摩擦局部造成疼痛。此外，如果病人心情过于紧张，造成肛门括约肌过度收缩，如果把肛门镜插入肛门就会造成疼痛。