慢性前列腺炎可以分为II型：慢性细菌性前列腺炎和III型：慢性前列腺炎/慢性骨盆疼痛综合征，两种慢性前列腺炎的发病原因不同。II型前列腺炎是由一种或数种病原微生物造成的前列腺非急性感染，以逆行感染为主。前列腺内尿液反流、前列腺结石等可能是病原体持续存在和感染复发的重要原因。III型前列腺炎：是前列腺炎中最多见的类型，现阶段发病机制并不十分明确，病因复杂，可能是由于病原体感染、炎症和异常的盆底神经肌肉活动和免疫、心理、神经内分泌异常等共同作用的结果。