治疗跖疣的药膏在临床上一般没有太多的选择。因为如果使用药膏外涂，大多是没有什么明确的效果的。不过如果只有在没有进行有效的物理治疗，或者是进行其他的手术治疗的情况下，也可以适当的外涂干扰素凝胶进行治疗。因为有部分的患者可能对干扰素凝胶具有一定的敏感性，因此也可以进行使用。也可以外涂氟尿嘧啶乳膏，这样能够具有一定的杀灭局部的病毒的作用，而且具有一定的腐蚀作用，但是此药膏的腐蚀性较强，因此在使用的时候一定要注意保护周边的组织。一般只有主要是进行冷冻治疗或者是激光治疗，有的也可以进行手术切除治疗。