宝宝肛门疼痛的原因：第一，肛周红肿、破溃，各种原因如反复腹泻、肛周卫生不佳、肛周湿疹搔抓破溃，肛窦炎造成的肛周红肿，破溃、疼痛。第二，肛裂由于大便干结，没有每日排便加重便秘，排出大便较大，造成肛门裂伤，出血，炎症造成的肛门疼痛。第三，肛周脓肿就是肛旁皮肤感染，形成脓肿，肛旁有红色肿块，剧烈疼痛。以上这些情况需要到医院去就诊，确诊后根据产生的原因进行治疗。极个别也有痔疮。