刚怀孕阴道有褐色分泌物，首先需要排除异位妊娠。异位妊娠有月经停止史，不规则阴道流血，阴道流血量一般比较少，可以呈褐色，有时伴随腹痛，有时也可以没有腹痛，需行血HCG、孕酮、B超检查。异位妊娠血HCG和孕酮值较宫内妊娠偏低，B超提示宫内无孕囊，附件区有异常回声。如果B超检查示宫内妊娠，宫内看见妊娠囊，考虑是先兆流产的可能，先兆流产可以表现为阴道少许分泌物，为褐色，有时伴随腹痛，有时不伴随腹痛。还有一些宫颈疾病，如宫颈息肉、宫颈癌前病变、宫颈癌，也可以表现为少许的阴道流血，有褐色分泌物。