如果肛瘘病人行手术治疗，如果瘘管位置比较低，行瘘管切开术或者肛瘘切除术，手术操作相对简单，是一种小手术。如果肛瘘瘘管位置比较高，可也行高位肛瘘切开挂线治疗，利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘，手术操作比较困难，是一种大手术。肛瘘一经发现，必须行手术治疗才能够彻底的根除，手术的关键在于正确寻找内口，将内口也就是感染源清除，尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时防止肛瘘复发，手术后应该注意饮食调理，还应该保持肛周清洁，经常的切口换药。