肛瘘的症状一般表现为流脓，脓液的多少、性质和瘘管的长短、粗细、内口大小有关。初期肛瘘流脓比较多，质稠，味臭，色黄，随着时间的延长，脓液会逐渐减少。如果忽然脓液增多，提示有急性感染或者新的管腔形成。单口内瘘脓液和血相混合，常常自肛门流出。结核性肛瘘，脓液多而清稀，色淡黄，呈米泔水样，可有干酪样坏死物。肛瘘病人有时经常自外口分泌黏液脓血，反复刺激肛周皮肤，造成潮湿瘙痒，甚至造成肛门湿疹。有时表现出皮肤丘疹后，表皮可见脱落，有时还会表现为疼痛的症状。