肛瘘正常具有内口、外口和瘘管三个特征。复杂性肛瘘指多个外口或多个瘘管的一类肛肠疾病，多由单纯性肛瘘迁延不愈而成。单纯性肛瘘反复发作后会形成复杂性肛瘘，主要的临床表现为局部肿痛、瘙痒，反复破溃、流脓等表现。复杂性肛瘘瘘管多、位置较深、走行复杂，现阶段也被认为是治疗相对困难的一类肛肠疾病，它的症状以肿痛、流脓、反复发作为主，急性期合并脓肿表现出局部的红、肿、热、痛，炎症弥漫范围较广，也可表现出发热、乏力等全身症状。复杂性肛瘘的特点是反复发作、经久不愈。病人平素洗浴时可以触摸到肛旁有条索状的肿块，放射状肿块向肛门内延伸，这类病人绝大部分不能够自愈，均需经过手术方可治愈。特殊的肛瘘，如结核性肛瘘，可伴低热、盗汗等全身症状。