阴茎头部分的尿道疼痛，主要的原因有以下：一、慢性或急性尿道感染;二、尿道舟状窝部的结石嵌顿，造成排尿不适或者尿流缓慢;三、慢性前列腺炎造成;四、由于心理或精神方面的过度关注，造成表现出主观上产生龟头部尿道的不适感。可根据病人的具体临床症状、体格检查结果以及必要的实验室检查等，予以准确判断病情并予以适当的治疗。以上健康科普知识仅供参考，具体情况需到正规医院检查，由专业医师进行判断。