口腔局部疾患是主要造成口臭的原因，但不容忽视的是口臭也常是某些严重系统性疾病的口腔表现。有一些器质性疾患也会造成口臭，病理性口臭分为口源性口臭和非口源性口臭。据统计80%到90%的口臭是来源于口腔，口腔中有未治疗的龋齿残根残冠，不良修复体，不正常的解剖结构，牙龈炎牙周炎及口腔黏膜病等都可以造成口臭。其中龋齿和牙周疾病又是最多见的相关疾病，不良修复体下常残存食物残渣和菌斑，细菌经过发酵分解产生臭味，牙髓坏死或化脓性牙髓炎卫生治疗也可发生臭味。非口源性口臭是口腔邻近组织疾病，如化脓性，扁桃体炎，慢性上颌窦炎，萎缩性鼻炎等可产生脓性分泌物而发出口味臭味。多见的内科疾病如急慢性胃炎、消化性溃疡表现出酸臭味，幽门梗阻、晚期胃癌常表现出臭鸭蛋性口臭，糖尿病酮症酸中毒病人呼出丙酮味气体，尿毒症病人呼出烂苹果气味，此外白血病、维生素缺乏、重金属中毒等疾病均可造成口臭。