孕两个月患有霉菌阴道炎时，需要经过以下方式进行治疗：孕12周内，借助2%-3%的苏打水以及洁尔阴对外阴道清洗。每天换洗内裤，用开水对毛巾、内裤以及盆子消毒。将外阴擦干后，阴道内放置制霉菌素栓剂或是克霉唑栓剂。连续用药7-14天停药一周后复查。症状消失，间隔两周后复查。若检查无霉菌即为痊愈，可停止用药。孕周超过35周后，禁止对阴道内部操作，避免发生宫腔感染的情况。