从目前的临床研究来看，肛周湿疹的发病原因其实并不是特别清楚，只是有的学者考虑肛周湿疹是由外部因素以及内部因素相互作用的结果。内部因素主要是遗传和体质因素，比如个体素质以及健康状况，可以造成其对生活和工作环境中的许多物质过敏，有的病人改变环境，经过锻炼以及体质增强后，在接受以往刺激因子可不再发生湿疹。此外，本病也和遗传因素以及自主神经功能紊乱有一定关系。外部的因素主要是创伤，摩擦，还有一些肛管以及肛周疾病的刺激，除此之外还有一些食物和平时接触的物质中有过敏原。