肛门上方疼痛，一般来说，要考虑到以下疾病的可能：第一，肛瘘，肛瘘的主要症状其实发生在瘘管和外口处，如果外口在肛门的上方，这个位置就会间断性的表现出肿胀，疼痛，破溃，流脓。第二，肛周脓肿，同样如果脓肿感染部位在肛门上方，这个地方就会表现出典型的红，肿，热，痛，严重情况下也会造成破溃，流脓。第三，肛周囊肿，肛周囊肿在临床上并不多见，多数情况下发生在直肠外骶尾部，一般小的时候不会表现出明显症状，等到囊肿越来越大，会表现出明显的胀痛。