肛瘘的最佳治疗方法就是手术治疗，根据肛瘘瘘管位置的高低不同，选择不同的手术方式。如果肛瘘瘘管位置比较低，可以行肛瘘切除术，切开瘘管，并将瘘管壁全部切除至健康组织，创面不予缝合。如果肛瘘瘘管位置比较高，可以行高位肛瘘切开挂线治疗，利用橡皮筋机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘，最大的优点是不会导致肛门失禁，经过手术将内口也就是感染源切除，这是治疗肛瘘最佳的治疗方法。手术后加强营养支持治疗，多吃一些蛋白含量高的食物，促进肉芽组织生长，促进创面的愈合，还应该积极的进行切口换药，避免表现出假性愈合，避免表现出肛瘘复发。