虽然心脏起搏器手术属于微创手术，手术难度不是很大，但是也存在一定的手术风险，如在穿刺过程中可以造成气胸、血胸、误穿锁骨下动脉、造成静脉空气栓塞等。此外还可以造成心肌穿孔、心律失常以及刺激膈神经等。在术后还可以造成感染以及脉冲发生器和皮肤粘连和皮肤破溃等表现。