随着医疗技术的不断提升，射频消融手术量不断增加，总体来说该手术的安全性较高，但是随着消融的适应症在不断的扩大，手术的复杂性也在增加，手术并发症发生率大约为5%左右。多见的并发症包括：穿刺部位出血、血肿或者感染，心包穿孔，心包填塞，动静脉血栓或者栓塞，气体栓塞，肺栓塞或者脑栓塞，气胸，血胸，动静脉瘘，神经损伤，麻醉意外，房室传导阻滞，冠状动脉痉挛，瓣膜反流，迷走反射等，严重者会造成死亡。