单疱病毒性脑炎病人和健康带毒者是主要传染源，主要经过密切接触和性接触传播，也可经过飞沫传播。单纯疱疹病毒，首先是在口腔和呼吸道和生殖器造成原发感染，机体迅速产生特异性免疫力而康复，但不能彻底消除病毒。病毒以潜伏状态长时间存在体内而不造成临床症状，神经节中的神经细胞是病毒潜伏的主要场所，HFV-1主要潜伏在三叉神经节，HFV-2潜伏在骶神经节。当人体受到各种非特异性刺激时机体免疫力下降，潜伏的病毒再度复活，经三叉神经轴突进入脑内造成颅内感染。成人超过三分之二的HFV-1脑炎是由再活化感染而造成，其余是由原发感染造成，而HFV-2则大部分有原发感染。