巧克力囊肿是子宫内膜异位囊肿，子宫内膜碎片种植到卵巢，随着每次来月经，异位病灶出血，逐渐表现出陈旧血液的沉积、包裹，因此形成了巧克力囊肿。卵巢囊肿正常包括排卵以后雌孕激素刺激，造成形成的生理性黄体囊肿，以及病理性卵巢囊肿，生理性黄体囊肿能够在月经干净后消失不见，病理性卵巢囊肿可能和环境、饮食、感染、激素等因素有关，严重者可造成继发感染、囊肿破裂、蒂扭转等。此外，做B超检查的话，可以发现巧克力囊肿的囊液不是透亮的，是很密集的光点，单纯性卵巢囊肿囊液是很透亮的，是一个暗区。