每天早上起床拉肚子的原因有很多，临床上多见于以下一些情况：第一，肠道的感染性疾病，比如慢性阿米巴痢疾、肠结核、肠道念珠菌病、血吸虫病等；第二，肠道的非感染性疾病，比如炎症性肠病、放射性肠炎、缺血性结肠炎；第三，肿瘤性疾病，比如大肠癌、小肠恶性淋巴瘤、胃泌素瘤等；第四，小肠吸收不良，包括原发性和继发性的小肠吸收不良；第五，肠道动力疾病，比如肠易激综合症；第六，胃部和肝胆胰的疾病，比如萎缩性胃炎、慢性肝炎、肝硬化、慢性胰腺炎、慢性胆囊炎、胃大部切除胃空肠吻合术后；第七，其他的一些疾病，比如甲状腺功能亢进、糖尿病、慢性肾上腺皮质功能减退、系统性红斑狼疮等，都可能会导致每天早上起床拉肚子的症状。