小阴茎治疗应当根据病因及其具体的情况决定治疗方案，因为小阴茎的原因特别多，首先可以采取内分泌治疗，主要是对于促性腺激素分泌不足造成的性腺功能减退。常用的治疗是HCG的治疗。性腺功能异常的病人比如单纯性的睾丸分泌睾酮异常可以用睾酮替代疗法，一般经过内分泌治疗很多病人睾酮能达到正常人的水平。未成年人可以促进阴茎发育，睾丸下降不全或者婴儿病人要及时做手术治疗。