灰指甲严重的时候，可以造成疼痛和不适，且患甲内肌肉暴露在外，或者是被增厚的指甲压制，一旦受到各种外伤，细菌就会长驱直入，因此引发甲沟炎、甲床炎、手指脓皮病等并发症，使病人发生丹毒或者是蜂窝织炎等全身症状严重的疾病。灰指甲病菌还可以侵犯人体的深部组织，造成深部组织的器官感染，甚至能够危害生命。女同志患灰指甲，可传染到阴部，形成霉菌性的阴道炎和白色念珠菌性阴道炎，因此成为难以治愈的妇科疾病。严重的灰指甲病人，还可能需要截肢，糖尿病人如果感染了灰指甲，容易造成第一组织骨头上的神经病变、溃疡，随之会有其他的病变形成，发展成肢体的深部组织感染，并伴随神经性的溃疡，严重的病人甚至可能截肢。