宝宝阴茎短小的原因有如下：第一，隐匿阴茎，由于阴茎周围的软组织发育异常，造成阴茎被埋藏于皮下，阴茎外观短小，这些孩子阴茎大小是正常的，只是看起来觉得阴茎小，在排尿和睡觉时可感觉阴茎不小，这种情况经过阴茎包皮整形手术就好了。第二，真的是阴茎发育短小的，大部分是由于小儿肥胖造成的，阴茎发育欠佳，就应当少吃多运动，将体重降至正常，有利于睾丸阴茎发育。如果还是小阴茎，就应当到专科医院就诊，进行激素水平的测定等检查，查出原因后给予治疗。