结构性心脏病的病因是很多的，因为结构性心脏病包括先天性心脏病，瓣膜性心脏病，心肌病等，比如先天性心脏病，它的病因就是由于胎儿在发育时期，心脏和大血管发育异常，这其中就有遗传的因素，也有环境的因素所造成。比如瓣膜性心脏病，它的病因就有先天性的因素在里头，也有后天的所获得的，比如风湿性心脏病，就是由于链球菌感染所造成二尖瓣或者主动脉瓣受损，此外有些心肌病现阶段病因是不明确的，因此结构性心脏病由于它包含的疾病的种类比较多，病因也是多种多样的。